Montpellier blev grundlagt i år 985, og adskiller sig fra mange andre sydfranske byer ved hverken at have romerske eller græske rødder. 

Byen voksede hurtigt på grund af sin strategiske placering tæt på Middelhavet og som et vigtigt handelsknudepunkt.

1181 - 1220, internationalt videnscenter
Flygtende jødiske og arabiske læger skabte fundamentet for det berømte medicinske fakultet, der blev officielt grundlagt i 1220.

1204 - 1349, spansk herredømme
Byen blev en del af Aragonien og senere kongeriget Mallorca. Det var en guldalder med stor økonomisk og kulturel fremgang. 

1349, solgt til Frankrig
Kongen af Mallorca solgte byen til den franske konge, Filip VI. Kort efter ramte pesten, hvilket bremsede byens vækst betydeligt. 

1500 - 1600-tallet, religionskrige
Montpellier blev et stærkt centrum for calvinistiske huguenotter. Byen blev belejret og indtaget af den franske kong Ludvig XIII i 1622, som efterfølgende byggede et citadel for at kontrollere indbyggerne.

1900-tallet til i dag
Byen har oplevet en enorm befolkningstilvækst i nyere tid og er i dag kendt som en af Frankrigs mest dynamiske og ungdommelige universitetsbyer.